La région présente des caractéristiques naturelles et des écosystèmes marins  considérables, mais aussi des types d’habitats parmi les plus menacés en Méditerranée. La menace affectant la biodiversité marine est traduite par la réduction du nombre d'espèces dans les milieux, avec la disparition des espèces sensibles et l'apparition et la prolifération des espèces non indigènes, provoquant un déséquilibre au niveau des chaînes trophiques.
 
La surexploitation des stocks de poissons et la pêche non réglementée, comme celles des éponges, du corail, le chalut benthique (kiss), et la capture de façon quasi-systématique, de nombreuses espèces avant l’âge de la première maturité sexuelle (nous citerons en particulier les mérous) ont un rôle important dans la perte de la biodiversité.